豚鼠消化系统功能较弱，食物通过盲肠、大肠相当缓慢，部分食物可在肠道保持48小时，许多营养成分由肠道微生物菌群将纤维素分解后释放出来，因而维持肠道微生物菌群的平衡是非常重要的。

豚鼠对青霉素、四环素、杆菌肽、金霉素、红霉素等抗生素类药物反应大，较大剂量用药后常可引起急性肠炎、甚至致死。这是由于豚鼠肠道正常微生物菌群是革兰氏阳性细菌如链球菌占优势，抗生素使革兰氏阳性菌明显减少，从而促使对豚鼠特别不利的革兰氏阴性细菌大量繁殖，而产生内毒素所致。一次肌注5万单位的青霉 素能杀死75 ％以上的豚鼠，死亡发生在注射后的第4天，原因是小肠结肠炎、 大肠杆菌型的菌血症或细菌内毒素中毒。