本发明提供了一种微生物发酵饲料的制备方法，其特征在于，包括：将植物乳杆菌菌种和酪酸梭菌菌种经过活化、第一次液体发酵培养、第二次液体发酵培养以及固体发酵培养后，将所得的植物乳杆菌固体发酵培养物和酪酸梭菌固体发酵培养物冷冻干燥，并混合得到微生物发酵饲料。本发明具有很好的生物学功能，能够维持肠道微生态平衡作用，改善肠道菌群，抗突变作用，对猪的生长速度有很大的提高，有效降低了猪的腹泻率及幼猪的死亡率，提高了产能并节约用药成本，大大提高了养猪效率。本发明的制备方法简单实用，功能强大，具有很好的市场前景。