主要病害有苜蓿锈病、霜霉病、褐斑病、白粉病等。紫花苜蓿发生锈病后，光合作用下降，呼吸强度上升；由于表皮多处破裂，水分蒸腾强度上升，干热时容易发生萎蔫；锈病使苜蓿叶片退绿、雏缩并提前落叶，严重者可减产60%；染有苜蓿锈病的植株含有毒素，不仅影响适口性，而且会导致畜禽食用后中毒。可用代森锰锌(0.2千克／公顷)、氧化萎锈灵与百菌清混合剂(0.4－0.8千克／公顷)、15%粉锈宁1000倍液喷雾，都可防治苜蓿锈病。