发酵床的温度主要与水分和通透性有关，有时表现为单因素影响，有时表现为双因素同时产生影响。
(1)如果水分偏高和(或)垫料过于疏松时，发酵强度会加大，温度就会过高，常用的处理方法就是将垫料稍微压实，或者补充部分干料后将垫料稍微压实。
(2)水分偏低和垫料透气性稍差时，发酵产生的温度向空气扩散慢，往往会形成局部高温，通常可以通过采取适当补充水分、增强垫料通透性的措施来解决。
(3)水分过高或过低时，也会导致发酵床温度过低，解决的办法就是调节好水分。
(4)垫料通透性过低，发酵床温度也低，这时就要通过疏松垫料，来增加垫料发酵强度，从而提高发酵床温度。