一、牧草种子入库前要做好挑选和分级工作，去除杂物和破碎种子。
二、降低种子含水量。晒种要薄摊和勤翻。摊晒厚度在10厘米以下，晒面耙成波浪形，一天翻动数次，使底层种子能充分散发水分。豆科牧草种子的安全含水量低于13%，禾本科种子低于15%。
三、种子可用聚乙烯薄膜袋或布袋装。垛放种子袋时，种子袋要距地面30厘米高，离墙壁50厘米远，垛之间也要有一定空隙。种子散装堆放高度不宜超过2米。要在种子袋上贴上标签，注明品种、发芽率、纯净度、含水量、产地、来源等。
四、种子库房要清洁、通风、干燥，防止种子发生自热。一旦发生自热，应立即搬出晾晒，直至到安全含水量。在室外或室内贮藏的种子，因搬迁需要时，不要突然转入室内或室外，以防温度骤变，影响发芽率。库房内要设置鼠夹和投放鼠药，消除鼠害。
五、定期测定种子含水量和发芽率。对蛋白含量高，颖芒较大而长的禾本科牧草种子吸湿性较强，保存时要特别注意防潮。
六、要经常检查种子是否发生病虫害。有问题，要及时喷洒药剂和清选加工。