网箱养鱼由于网箱中鱼种放养密度大，鱼类一旦发病，则传染机会大，死亡率高。且网箱都是设置在江河、湖库等流动性水域中，网箱内外水体交换频繁，鱼病防治困难。目前网箱养鱼的用药方法除在鱼种进箱前用药物浸泡消毒和进行草鱼出血病疫苗免疫外，常见的有以下几种:
1.挂篓(袋)法。即将药物用竹篓或棕丝(塑料编织袋也行)包装好，在网箱上水方悬挂3-4包，沉入水中约1m左右，使药物随水流漂下，达到消灭病原体
的目的。常用药物有漂白粉、生石灰、硫酸铜等。此法多用于预防烂鳃病、赤皮病等，但水的流速超过0.1m/s以上，则效果不理想。
2.药物泼洒法。将药物溶水后，分多次泼于网箱的上水方，使药物随水流过鱼体而杀灭病源，各种泼洒性药物均适用此法，药量要超过常规药量的2倍以上。此法常用于防治赤皮病、烂鳃病、水霉病及杀灭寄生虫等。缺点是:由于药物只在水的表层漂过，对网箱下层鱼类病源的杀灭作用极小。如果将网箱移至水流缓慢处，然后再施药，则效果较好。
3.药物洗浴法。将药物用编织袋装好，沉入网箱上水方，水中1m深左右，横向拖动，直至药物全部溶解为止。该法能有效地杀死网箱内的致病源，用于防治赤皮病、烂鳃病等效果较好，缺点是用药量大。
4。药物浸浴法。把网箱中的鱼类聚集在网箱的一角，再用一块面积较大的塑料薄膜从水底向这个角包围上来，使鱼种聚集在一个静止的水体中，根据病症把药物兑水后，泼于其中，使鱼种在药液中浸泡一段时间(具体时间视药物性质和鱼种体质等而定)，从而达到杀灭病源的目的。此法多用于已发病网箱鱼类的治疗，且效果比前三种方法好，缺点是操作困难。治疗赤皮病，烂鳃病、水霉病及杀灭鱼体寄生虫等均可用此法。
5。药饵法。即把防治鱼病的药物制成药饵或将草料用药物浸泡后，再喂鱼，以便达到治病或防病的目的。该法是网箱养鱼最有效、最经济、最常用的防治鱼病的方法。常用的药物有磺胺类如:磺胺脒;抗菌素如:氯霉素、土霉素等;中草药类如:三黄粉、大蒜等。该法是治疗和预防肠炎病、赤皮病、烂鳃病等的常用方法，尤其以治疗肠炎病最有效。