用高锰酸钾进行鱼体消毒可防治锚头鳋病、指环虫病、三代虫病等许多鱼类疾病，但应用井水养鱼的地方使用高锰酸钾消毒应十分谨慎。
井水中铁的含量较高，其不接触空气而以二价铁离子形式存在。二价铁离子很容易被氧化成三价铁离子的稳定状态，最终形成黄褐色的氢氧化铁胶体。高锰酸钾是一种强氧化剂，可使二价铁离子氧化成三价铁离子形成氧氧化铁沉淀物。如果用高锰酸钾消毒，它与井水中的二价铁离子反应形成氢氧化铁，氢氧化铁随着鱼的呼吸就会在鱼鳃上沉淀一层棕色薄膜，妨碍鱼的呼吸，引起鱼类窒息死亡。氢氧化铁也会吸附在鱼体表面，使鱼类运动困难。
此外，反应生成的二氧化锰能与蛋白质结合成蛋白质盐类化合物，高浓度的二氧化锰对鱼体有刺激和腐蚀作用。