1、硝化细菌不可与化学增氧剂如过碳酸钠或过氧化钙同用，因为这些物质在水体中分解出的氧化性较强的氧原子，会杀死硝化细菌，所以先使用化学增氧剂一小时后，再使用硝化细菌。
2、养殖池塘的酸碱度及溶解氧与硝化细菌的使用效果有较大的关系。硝化细菌对PH的最适宜范围为7.8~8.2，溶解氧只要不低于2毫克/即可。
3、水瘦时要先施肥再使用光合细菌，酸性水体不利于光合细菌生长，应先泼洒适量生石灰乳，调节水体PH为7左右再使用光合细菌。
4、药物对光合细菌制剂及复合菌的活体细菌有杀灭作用，因此不能与消毒杀菌剂同时使用。水体消毒须经过一周后方可使用。禁止与抗生素、杀菌药或具有抗菌作用的中草药使用。