选购或留用的鳝种苗，由于捕捞、暂养及运输中受伤或受病害感染，难免有质量不好的，在以后的饲养中会不断发病死亡，而且还会感染其他鳝种，因此一定要在饲养前淘汰。通过以下的方法可淘汰劣质鳝种。
感官筛选法
是在实践中不断总结经验，凭自己的感觉和经验进行筛选。鳝苗种健康活泼欢跃，用手捉住时鳝苗种能抬头且挣扎有力，鳝肌肉紧绷。若身体、尾部扭曲，发红斑，肛门红肿，以及用手捉鳝时鳝体软绵无力为劣质鳝种。
水流筛选法
鳝鱼喜欢逆水行动，用适当的力将鳝池内的水按一定方向搅动，鳝鱼朝相反的方向游行（顶水行动），活动自如，那是正常鳝；若是跟着水流走、无力游动的为质量不好的鳝种苗。
拍打筛选法
根据野生鳝平时惊动少的特性来筛选。筛选时用浅盆盛装鳝鱼，然后轻拍盆沿，质量好的鳝种会往外跳，跳不动或不跳者是劣质鳝种，但是受伤和患寄生虫病的鳝种也往外跳，所以要仔细鉴别筛选。
行为筛选法
根据鳝鱼的群聚性来筛选。在无土的水体中，鳝鱼成群地往四角钻顶的为质量好的鳝种，单独游走活动无力的为劣质鳝种。
入穴筛选法
根据鳝鱼喜居洞穴的特性来筛选。将鳝种放入有土或者是有水草的水体，在 2 小时左右钻入洞穴或水草的鳝种为好鳝种，不钻洞或不钻草，或是钻头不钻尾，再或是钻进一会又出来的，大都是不好的鳝种；也有一部分质量不好的鳝种能钻洞或钻草。
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