真菌病
由霉菌孢子侵入幼体或卵子所引起。受感染的受精卵不透明，停止发育，受感染幼体行动不活泼，肌肉坏死，沉于水底而死亡。防治方法：亲虾、用具和用水严格消毒，及时消除死卵和死亡幼体，保持水质清洁。发病时可在育苗用水中施氟乐灵0.01克/立方米全池泼洒。
病毒病
对虾育苗期的常见病毒病有：对虾肝胰腺细小病毒病、斑节对虾杆状病毒病和日本对虾中肠腺坏死病毒病。受感染幼体活动能力下降，反应迟钝，不摄食，鳃部和体表有污物附生。中国对虾幼体肝胰腺萎缩坏死、脱落;斑节对虾幼体肝胰腺变白、坏死;日本对虾肝胰腺白浊、坏死，重者肠道变白。防治方法：消灭传染源，严格检疫，使用无病毒亲虾，寻找早期诊断方法。做好苗池、管道、工具、苗池用水消毒。受精卵用无毒海水冲洗数分钟或用300毫升/立方米福尔马林液浸泡30秒后再孵化。幼体放养密度控制在每立方米30万尾以内。若发现育苗池感染严重，做好隔离工作，虾池每立方米水体施100克漂白粉，48小时后用无毒海水冲洗后才可放养虾苗。
细菌病
1.弧菌病：此病发病快，感染率很高，由多种弧菌引起。患病幼虾在感染初期，虾体呈黄红色或红色，活动能力减弱，行动迟缓，趋光性降低，发育变慢，腹部卷曲，体色发白，幼虾不摄食，中肠腺呈白色混浊现象。防治方法：加强换水，保持水质清洁，育苗工具严格消毒。发病时可用每立方米水体2克～3克土霉素治疗。
2.丝状菌病：由白丝菌感染引起，菌丝细长，附着于幼虾的鳃丝、附肢和体壳上，受感染幼体活动能力减弱，沉于池底，然后死亡。防治方法：勤换水，不过量投饵，对感染虾每天可用5克/立方米～10克/立方米的高锰酸钾液浸浴1小时，连续5天～10天。
3.虾壳病：为几丁质细菌感染，染病虾在壳体患区常呈黑色，病菌常迅速通过表皮进入体内，引起肌肉损伤。防治方法：用22毫升/立方米的福尔马林液处理病虾。
气泡病
由于水中溶解气体含量过多，水温过高所致。患病幼体体表、鳃腔和肠道内发生圆形、椭圆形或长条形大小不一的气泡，多发于蚤状幼体，患病幼体常在水面挣扎。防治方法：注意调节水温，已患病幼体则应及时降低水温，并暂停充气，可使消化道的气泡逐渐变小而排出体外。
固着类纤毛虫病
由附着在对虾卵及幼体上的纤毛虫引起。纤毛虫妨碍幼体运动，争夺饵料，影响其变态发育，导致幼体衰弱死亡。患病虾行动迟钝，身上似有绒毛，摄食困难。防治方法：首先要保持合理的育苗密度和良好的育苗环境条件，多换水，饲喂优质饵料。发病时可用20毫升/立方米福尔马林液处理病虾，可获明显效果。
尾棘萎缩病
此病是由池水锌离子浓度过大、水温不适而引起，多发于无节幼体和蚤状幼体。患病幼体初期尾棘弯曲、短小，进而尾棘、附肢、刚毛萎缩，严重的全身刚毛萎缩，沉于水底，尾皮难于脱下，最后死亡。防治方法：保持良好水质和适宜水温，去除重金属离子，可向育苗水中加入5毫升/立方米～10毫升/立方米的乙二胺四乙酸二钠，有良好的防病效果。