微生物制剂是活菌制剂，在使用中应注意以下几点：
（1）要尽早使用，通过先入菌的大量繁殖，形成优势种群，这样可以减少或阻碍病原菌的定居；
（2）要注意环境是否适合有益菌的生存和繁殖，如果同时使用消毒剂、抗生素，或使用间隔时间短，会降低作用效果，一般应间隔至少5天以上；
（3）有益菌的活化和繁殖需要耗氧，因此，施用时间最好在晴天上午或施用后补充增氧，以发挥出理想的作用和效果。在水体溶氧不足时不要使用，以防造成溶氧的进一步缺乏；
（4）应使有益菌尽快形成优势并能持续，所以，所含活菌数要达到一定的数量，首次使用和换水后使用量要足，并要坚持长期连续使用。