工厂化养殖是未来水产养殖的发展方向。在现阶段，由于成本因素，工厂化养殖罗非鱼还处于初级发展阶段，但是通过先进的循环系统设计，以及良好的管理措施也可以把成本控制在合理范围。国家罗非鱼产业技术体系北京综合试验站昌平示范区通过工厂化循环水养殖大规格罗非鱼种或暂养罗非鱼，提高了品质，获得了较高利润。
1.养殖车间
养鱼车间呈长方形，单跨或多跨，跨距一般9～15米，砖混墙体，墙体高度2～2.5米，并设置窗户用于夏季通风。屋顶为钢架结构，横断面呈“人”字形或拱形。顶面多采用彩钢板，用阳光板设采光透明带。屋顶应能抗风防压。
2.养殖池
工厂化循环水养殖，理想的养殖池应该是圆形设计，但由于占地面积过大的原因，在经济上不合算，目前比较实用的方案是八角形设计，既考虑了空间利用率，又顾及到了水循环效率。鱼池多为混凝土或砖混玻结构。养殖池面积一般设计在35～50米2，面积过大，水循环效果难以保证，面积过小投资效率差。养殖池深度在1.4米以内较适宜，便于操作。为增强循环效果，养殖池底均采用圆锥形设计，坡度3%～10%。鱼池中央设置排水口，其上安装多孔排水管，利用池外溢流管控制水位高度。进水管2～4个，沿池周贴边进水，使池水沿一个方向流动而旋转，利用池水旋转的向心力将饲料残渣、粪便等污物集中到中央排水管排出，污水通过排水管流向水处理系统。
3.水处理系统
目前，较为实用的是物理过滤和生物过滤。物理过滤分两部分：一部分是采用过滤机，分离水体中较大的悬浮物，如残饵和粪便，另一部分是采用毛刷等滤材过滤较小悬浮物。生物过滤采用沸石、生物球或其他形状塑料滤材，通过添加菌种或自然生成菌种等方式在滤材表面生成生物膜，处理水体中溶解的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质。
4.消毒装置
养殖用水过滤后可能还含有细菌、病毒等致病微生物，因此要进行消毒处理。常用消毒装置有紫外线消毒器和臭氧发生器。紫外线消毒器常用悬挂式或浸没式紫外灯，利用紫外线以杀灭细菌、病毒或原生动物。臭氧发生器消毒具有化学反应快、投量少、水中无持久性残余、不造成二次污染等优点，也是目前常用的消毒方法，需要注意的是臭氧对养殖动物本身也有毒性，因此臭氧处理过的水须放置几分钟或经过活性炭吸附后方可使用。
5.供氧设施
工厂化循环水养殖一般采用鼓风机增氧或直接用纯氧。利用鼓风机增氧初期投资少，但运行成本较高，还受制于供电状况，采用鼓风机增氧必须配备发电机，因为工厂化养殖不能中断供氧。直接用纯氧初期投资高，而运行成本较低，养殖户可根据实际情况进行选择。工厂化养殖罗非鱼，水体溶解氧需保持在3毫克/升以上，养殖池和生物处理池均需供应充足氧气。
6.鱼种放养
放养鱼种的规格最好在5厘米以上，这样过滤网不易堵塞，鱼种也具有较强的游泳能力，适应水循环产生的水流。放养密度根据水处理能力与养殖池的体积确定，一般以产出成鱼25～60千克/米3为宜。
7.投饵管理
如有条件，最好设置触碰式投饵机，根据养殖鱼的数量投放适量饵料，避免人为因素导致饵料供应量不当。
8.规格控制
罗非鱼工厂化养殖，控制鱼种规格差距十分重要。一般每20天左右进行1次分选，以避免小规格鱼种因抢食能力差而延误生长，影响养殖效率。
9.病害防治
罗非鱼工厂化养殖，应做好疾病预防工作，避免病害发生，一旦发生鱼病，则影响巨大，甚至导致生物处理系统瘫痪。①鱼种放养前，一般采用0.5%食盐溶液进行消毒，避免鱼体受伤后感染病菌，在规格分选时也要进行消毒。②养殖过程中尽量避免使用药物，以免破坏生物膜，影响养殖水体净化。可定期在池水中施放硝化细菌、EM菌等调节水质。③定期在饲料中添加维生素和益生菌，既可避免因缺乏维生素而导致鱼体抵抗力下降，又能保持消化系统菌群稳定，促进饲料吸收利用。④根据池水蒸发和排污损失的情况及时补充新水，而且新水需补充到水处理系统中。