在水生动植物增养殖过程，多多少少会发生一些病害。发生病害后，就需要使用药物。近年来，由于渔药使用不当以及违禁药物、假冒伪劣渔药的投放造成的渔业经济的损失以及毒害事件日益严重，不但使消费者难以吃到“放心鱼”，严重影响了水产品的安全信誉。为了保护消费者健康，保证水产养殖者的经济利益，在水产养殖过程中使用药物应遵循以下基本原则：
一是渔用药物的使用应以不危害人类健康和不破坏水域生态环境为基本原则。
二是水生动植物增养殖过程中对病虫害的防治，坚持“以防为主，防治结合”。
三是渔药的使用应严格遵循国家和有关部门的有关规定，严禁生产、销售和使用未经取得生产许可证、批准文号与没有生产执行标准的渔药。
四是积极鼓励研制、生产和使用“三效”（高效、速效、长效）、“三小”（毒性小、副作用小、用量小）的渔药，提倡使用水产专用于药、生物源渔药和渔用生物制品。
五是病害发生适应对症用药，防止滥用渔药与盲目增大用药量或增加用药次数、延长用药时间。
六是食用鱼上市前，应有相应的休药期。休药期的长短，应确保上市水产品的药物残留限量符合NY5070要求。
七是水产饲料种药物的添加应符合NY5072的要求，不得选用国家规定禁止使用的药物或添加剂，也不得在饲料中长期使用添加抗菌药。