《方案》提出，今年水产品治理安全专项整治的主要任务：一是加强水产品中禁用药物和有害物质残留专项治理；二是加强苗种繁育环节生产监管力度，健全苗种生产数据库，严格苗种生产许可，建立健全苗种附证（生产许可证复印件）销售制度；三是加快改进养殖技术，调整养殖密度，加强苗种养殖单位用药技术指导和培训，进一步加强生产单位数据库建设，加强日常监管和执法检查力度，认真清缴禁用药物，严厉打击违法违规行为；四是建立严格的产地检查和准出制度，确保不发生重大水产品质量安全事件，提高水产品产地检测合格率。
治理的重点包括：鲤鱼、草鱼、鲢鱼、罗非鱼、白斑狗鱼、虹鳟等我区主要消费品种；水产健康养殖示范场、赛里木湖、博斯腾湖、乌伦古湖等出口原料基地、无公害水产品生产企业、水产苗种生产单位；水产品产量大于1000吨的重点渔业县、市、区域。
《方案》提出了四项重点整治措施：一是加强苗种繁育环节生产监管力度；二是落实养殖单位责任；三是大力推进检打联动；四是着力完善长效机制。
《方案》要求，各级渔业行政主管部门及其所属的渔政监督管理机构要充分认识水产品质量安全专项整治的重要性和紧迫性，提高认识，加强领导，细化方案，落实责任，完善制度，标本兼治。分管负责人直接抓，确保专项整治工作顺利进行。
《方案》明确，此次专项治理活动从2012年3月开始，至2012年12月结束，将针对不同生产时节的监管重点，分阶段开展。
为加强“专项整治行动”的组织领导，《方案》还成立了以自治区水产局局长古力努·阿不都热扎克为组长，自治区水产局苏德学和张人铭两位副局长为副组长，局相关处室处长及各地渔业主管部门主要领导为成员的“专项整治行动领导小组”。