细菌可通过三个途径到达肝脏，进而转移到肺脏和其他器官。
1.由脐带通过门脉循环侵入肝脏
羔羊可因脐带感染而发病，在肝脏坏死组织抹片上可发现大量坏死杆菌，用肝病变组织接种兔子很容易证实坏死杆菌的存在。我们在3日龄死亡羔羊的肝脏上，发现典型的坏死病灶就是一个证明。
2.为羊口疮的继发感染
陕北羊肝肺坏死杆菌病，大部分是羊传染性脓疱坏死性皮炎（口疮）造成的继发性感染。当羊患口疮时，由唇和口腔损伤处混入唾液中的病毒进入瘤胃，在有损伤的地方，病毒侵入表层细胞，连续产生水疱、小脓疱和溃疡，在固有层引起急性炎症。坏死杆菌为瘤胃中的常在菌，即由此进入黏膜固有层，侵入门静脉到达肝脏。在此产生毒素和杀白细胞素，迅速生长的坏死杆菌能够造成静脉血栓和组织坏死。
3.是在前胃炎基础上的继发感染
这种情况多发生于肥育期羔羊，由于精料增加过快而引起瘤胃炎肝脓肿综合征。在严重的酸中毒时，前胃中ph达到3.8～4.3，这个酸度可以引起表皮细胞坏死、起疱和出血，引起固有层发炎，给坏死杆菌造成入侵机会。