架子牛与育肥牛之间的关系，采取工厂化精料育肥模式，架子牛与育肥牛二者之间有一次交易，会发生交易成本。卖架子牛的农牧户，行情好卖价高才肯出售。如果行情差卖价低，则等待好的行情到来，这使育肥场难以买到价格低廉的架子牛，增加了育肥场的交易成本。
架子牛行情与牛肉市场行情紧密相连，牛肉价高架子牛价格一定高，牛肉价低架子牛价格也会降低。而育肥场需要购买架子牛作原料，需要卖育肥牛作产品盈利。当育肥牛价格高时，他却不容易买到便宜的架子牛。因为这时养牛行情好，架子牛会涨价。
育肥牛价格会低迷时，架子牛虽然便宜，育肥场也难以盈利。特别是大规模育肥，面临国内牛肉市场空间窄小，出口受阻困难的市场情况。市场不确定性增加，行情大起大落，经营大红大黑，大赔大赚，搞规模化精料育肥风险很大。
采取育肥牛模式存在产业链条过长的弊端，在饲养阶段有种牛场、犊牛繁殖场、架子牛场、育肥牛场等环节。而且这些环节都互相分离，是各自独立的商品生产者。各环节之间都需要经过市场交易来运作，由于存在市场不确定性，存在想买时价格高或买不到，该出栏时行情差价格低的情况。这些都会增加养牛户的交易成本。