以下几个方面是在配种操作当中必须注意的：
(1)性控冻精价格昂贵，目前每剂冻精的购买价格都要达到200元以上(种公牛档次很高的要达到400-500元)，因此使用时需考虑节约、高效原则，只有在母牛发情鉴定和输精时机掌握上确有把握时，才能使用性控冻精进行配种;
(2)为提高受胎率，应把性控冻精主要用于对青年母牛的配种，因为适配年龄的青年母牛往往没有生殖系统疾病且配种受胎率高;而对于经产母牛来说，生殖道情况复杂，正常的配种受胎率也比初配母牛低，因此经产母牛不宜较多使用性控冻精配种;
(3)每头母牛一个情期仅能使用性控冻精配种1次，冻精用量掌握在1剂，下个情期出现返情者需再进行复配时，只能改用一般冻精配种，不宜再继续使用性控冻精配种;
(4)根据厂家的推荐，输精部位应取在排卵侧子宫角进行输精，这样利于提高受胎率;
(5)认真做好配种记录，一个批次的性控冻精用完以后，要准确统计冻精使用量、配种数、受胎数、产犊数、公母犊牛出生比例等技术数据，以便进行分析和总结提高。
使用性别控制冻精配种，是增加母牛出生比例、提高奶牛场繁殖效率、扩群速度和经济效益的一项有效措施，目前这项措施正在规模奶牛场进行更加普遍的推广应用。