核酸疫苗又称基因疫苗，是将编码病原体免疫保护性抗原蛋白基因置于真表达元件的控制下，并将其导入动物机体内，通过宿主细胞的转录系统合成抗原蛋白，从而诱导宿主产生对抗原蛋白的免疫应答。由于FMDV血清型多，各型间无交叉保护性，这给FMD的仿制带来巨大的困难。90年代，随着基因免疫概念的问世及完善，为FMDV免疫带来契机。Benvenisti将FMDV完整的结构基因P1和非结构基因2A、3CD串联起来，同时加入脑心肌炎病毒（EMCV）内部核糖体进入(IRES)，并通过免疫荧光和免疫斑点技术检测到猪皮肤中，部分猪获得抵抗FMDV强毒的攻击。Shieh未了克服亚单位疫苗不能产生持久的免疫保护，通过基因免疫和亚单位疫苗联合免疫来增强其免疫效果，首先用含有FMDV主要免疫原性VP1的质粒免疫鼠，接下来VP1多肽偶合物（P29-KLH）刺激，免疫的鼠产生高效价的抗体，并具有中和FMDV活性。 总之，理想的疫苗必须安全、有效、同时还应具备价廉、易于推广等优点。虽然FMDV灭活疫苗具有良好的免疫原性，但潜在的不安全性影响其使用；另外，由于灭活疫苗制备成本高，价格昂贵，限制了该疫苗的推广。基因疫苗经验有安全性高，同时可以根据需要制备同一病毒多哥成分或多价病毒疫苗，大幅度节约生产成本等优点，因此，FMDV记忆内工程疫苗是未来的发展方向。