温度：由于番鸭蛋的壳上膜、蛋壳、气孔和内外壳膜等特殊结构，孵化初期种蛋受热慢，其含脂率相对较高，加上中后期产生大量的生理热，使散热发生困难。所以在孵化过程中，施温的原则是：入孵前种蛋预温在36～38℃，预热6～8小时，其中前期高，中期平，后期略低，出雏期稍高，温度分别是1～7天39～39.6℃，8～19天38.5～39.0℃；20～30天38～38.6℃，31天至出壳毕38.6～39.2℃。
温度：控制温度的原则是：两头高，中间平。前期温度高，可使种蛋受热良好、均匀；中期平，有利于胚胎的新陈代谢；到了后期和出雏阶段，提高温度的目的是为了消散过多的生理热，使蛋壳结构疏松，以便啄壳出雏。然而，当温度超过75%而又通风不良时，胚胎因气体交换差会引起酸中毒，导致胚胎窒息死亡，这点最值得注意。在实际操作中，温度和湿度还要结合凉蛋和喷水调整，同时还要考虑种蛋孵化发育中在仿生立式孵化箱和平型出雏箱的配套放置以及季节和其它环境因素的影响。