1.季节性原因，秋季鸭子腹泻的内因是酶在家禽胃肠道内的发育成熟期活性较差，营养需要相对较高，肠道负担重，造成胃肠调节机能较差，免疫功能也相对不够成熟；外因主要是由于气温逐渐加大，雨水多，鸭子因此饮用污水的机率也大了，以致病原微生物大量繁殖，使鸭子在秋季更易患上肠道疾病。
2.轮状病毒等的侵袭。
3.卫生条件太差也是一条重要的原因。
4.饲料霉变。
5.饲料主要成分的改变(如新玉米的更换，再加上玉米价位远高于小麦，因此用小麦替换玉米是普遍现象）造成鸭子胃肠道消化率低下。
6.本病经常与小肠球虫并发或继发，且极易被后者所掩盖。
7.滥用消炎药，促使胃肠道菌群失衡，引起厌氧菌等的局部优势而发病。