珍禽场和珍禽舍的进出口都应有消毒池，并保持池内含有有效消毒量的药物。珍禽舍四周及珍禽场用具必须定期消毒。工作人员进行生产时也应严格遵循消毒程序，进场经过消毒，种蛋必须消毒后方可入孵，孵化器及其他孵化用具也要定期消毒。
（1）消毒的方法 珍禽舍要空闲一段时间，但各种病原体仍存在于珍禽舍内，珍禽舍要空闲一段时间，但各种病原体仍存在于珍禽舍内，珍禽舍内一切物体、鸡粪、门窗缝隙、尘埃中的细菌、病毒仍可存活很久，要彻底清扫消毒。常用的消毒方法有机械法消毒、物理法消毒和化学业消毒剂消毒。机械法消毒主要是指应用清扫、铲刮、洗刷、通风吹走等消除物体上的尘埃及污染物的过程。物理消毒法是指利用太阳光中的紫外线、高温等，对某些设备用具、地面进行曝晒、紫外线照射、火焰喷烧，从而达到消毒的目的。化学消毒剂消毒法是采用药品进行消毒的方法。消毒的程序一般如下：
1）清扫。珍禽出笼后，把粪便、垫料、屋顶和墙壁的蜘蛛网、尘埃等彻底清扫干净，平养地面粪便粘连硬结，要洒水浸软后铲除干净。
2）冲洗。冲洗的目的是把粪便、尘埃等污染物清除，提高消毒的效果。冲洗时最好加入消毒液，能提高消毒效果。冲洗时，如对水进行加压，用高压喷头冲洗，效果更好。
3）喷射消毒药。喷药应在冲洗之后，并待充分干燥后进行。地面太湿会降低药液的浓度，影响消毒效果。
消毒后的珍禽舍，当珍禽群转入后，污染即又开始，并逐日积累。为了尽量减少污染的程度，从进珍禽直到淘汰，要反复进行消毒。应根据实际情况，制订一个消毒计划。在带珍禽消毒时，应选择对皮肤、呼吸道无刺激以及毒性低的消毒药。
（2）消毒的要求 消毒效果的好坏，除与消毒药的性能有关系外，还与消毒方法有关。
1）药液浓度要准确。药液浓度是决定能否杀死病原体的关键。通常按说明书配制。稀释时要充分搅匀。在特殊情况下，要增加药物的浓度。
2）剂量要充足。消毒时，单位面积的用药量对消毒效果影响很大，其用量一定要充足。珍禽舍内用具可用浸泡消毒。
3）浸泡时间要充分。药液要充分发挥作用有一定的时间要求，达到这个要求，才能起到消毒作用。 4）温度要高。消毒液的杀菌效果与温度有关，低温时杀菌作用小，而高温可提高消毒效果，因此，消毒时间可用20-25℃的温水稀释药剂。