蛋壳上的细菌主要来源于鸡的产道及运输、外界空气中的污染。存放得当的新鲜鸡蛋有两层东西保护细菌进入蛋液：鸡蛋壳表面和鸡蛋外表的保护膜。处理不当会让这两层膜失去保护蛋液的作用。
一忌：放置时间长
梁倩芳说，鸡蛋壳表面有许多毛细孔，放置时间长，鸡蛋的毛细孔会变大，给细菌入侵提供了方便之门。我们买鸡蛋时拿灯照照鸡蛋，一来看有没有裂缝，二来是要看蛋壳孔大不大，过大表示鸡蛋非常不新鲜，建议不要购买。
二忌：冷水浸泡
鸡蛋壳表面的毛细孔会随气温热胀冷缩，如果你为了清洁表面的污垢而把鸡蛋长期浸泡在低温水中，在不同的温度切换之间，溶于水中的污垢，反而穿过毛细孔进到鸡蛋里面。
台湾某个养鸡协会表示，购买散装蛋的人若想确保外壳干净，可以用清水进行清洗，但记得重点要“快”──快速清洗、快速擦干，再放入冰箱，才能避免脏污跑进蛋里。
三忌：煮熟的鸡蛋用冷水浸
一些人常将煮熟的鸡蛋浸在冷水里，利用蛋壳和蛋白的热膨胀系数不同，使蛋壳容易剥落，但这种做法不卫生。鸡蛋煮熟后壳上膜被破坏，冷水和微生物可通过蛋壳和壳内双层膜上的气孔进入蛋内，贮藏时容易腐败变质。