成功的治疗鸡的呼吸道疾病要以迅速的临床诊断，准确的病原分离和药敏实验的结果为依据，正确的选择抗菌和抗病毒药物，需要考虑的因素：药物对病原的杀灭效果，机体的病理损伤和感染程度，药物的药效与药动学，潜在的毒性与残留，合并用药可能产生的相互作用。
1、药物治疗的原则：呼吸系统疾病的特征是炎性损伤所致的分泌与渗出增多，损伤原因包括化学刺激，过敏性反应，细菌病毒感染，此时，机体对其排除能力降低，导致一系列的病理变化。治疗的目的是减少渗出物的体积和黏度，使之有利于排除，从而避免对机体的不可逆性损伤。
2、正确的给药途径与剂量：合理确定用药时间和用药次数，使其疗效长短结合，作用急缓结合，促进吸收和抑制渗出。针对CRD病程绵长的特点，投药时间长，所选择的药物毒性低，应能够以活性形式经肠道排除，减少对机体的副作用。
3、适合治疗的药物：
四环素类：强力霉素、土霉素对支原体与大肠杆菌有效。
喹诺酮类：对大肠杆菌与支原体有效。
大环内酯类：红霉素、泰乐菌素、北里霉素、林可霉素，这类药物主要对支原体有特效，其中泰乐菌素能够阻止大肠杆菌对呼吸道的黏附作用