寄生虫如球虫、绦虫、蛔虫等都会造成肠道黏膜上皮的损伤，从而导致营养物质未经消化就随粪便排出，引起消化不良。
细菌性肠炎本病有的和小肠球虫病混合感染，但易被后者所掩盖；有的单独发病，如梭菌、绿脓杆菌、大肠杆菌等都会引起上皮细胞损坏甚至脱落，使小肠绒毛消化吸收能力下降，从而引起消化不良。
病毒感染许多病毒感染都会导致肉鸡发生消化不良，如呼肠弧病毒、腺病毒、轮状病毒等。
总之，肉鸡饲料消化不良是个复杂的过程，必须仔细观察，临床上是多种病因造成的，并不是简单的饲料、药物问题。
防治加强细节管理，搞好环境卫生，加强消毒。
提高肉鸡抗应激能力，使用优质饲料，遵守料号更替规定。
做好防暑工作，减少强应激，定期更换垫料。
增加肉鸡的运动量，提高机体防病能力，适时补充维生素。
治疗治疗时要注意分析消化不良的原因对症下药。
若是消化不良引起，可用些酵母粉、碳酸氢钠等；若因饲料高脂高蛋白引起，可用米糠适量加健胃散调理，效果较好。
如果是病毒或细菌感染引起的肠炎，投服抗菌消炎或病毒药物，辅以健胃消食药，如病毒药可选用黄芪多糖、灵芝多糖、花粉多糖、利巴韦林等，抗菌药如阿莫西林、乙酰甲奎、替硝唑等。
如果是寄生虫，则须分析是哪一种，确诊后药物剂量要准确，同时辅以抗菌消炎药、止血镇痛药，病情稳定后，还要加入活性菌，调理好肠道的菌群，促进机体早日康复。