补贴资金按照不同地区由各级财政承担，其中东部地区（包括北京、天津、上海、江苏、浙江、山东、福建、广东、辽宁等9个省（市））由地方财政负担；中部地区（包括河北、山西、吉林、黑龙江、安徽、江西、河南、湖北、湖南、海南等10个省）、西部地区（包括重庆、四川、贵州、云南、西藏、陕西、甘肃、青海、宁夏、新疆、广西、内蒙古等12个省（区、市））由中央财政负担60%,地方财政负担40%；新疆生产建设兵团以及黑龙江省农垦总局、广东省农垦总局的补贴资金全部由中央财政负担。
补贴资金由各地县级财政部门通过“一卡通”或“一折通”的形式将补贴资金直接兑付到养殖场（户）。暂时不具备实行“一卡通”或“一折通”的地方，可以采取直接发放现金的方式兑现补贴资金。
《意见》对调查核实程序做出了明确的规定，要求各地县级畜牧兽医部门和乡（镇）政府组织，在9月14日前，对统计时养殖场（户）的能繁母猪的实际存栏数量进行逐场逐户核查。为确保统计的真实性，各县级统计核实能繁母猪数量必须做到“四见”,即见猪、见人、见标、见榜。核实准确后，联合县级财政部门于9月30日前上报各省级畜牧兽医部门和财政部门。