生石灰以其消毒效果好深受养殖场（户）欢迎，但一些养殖场（户）在使用生石灰消毒时使用方法不当，不但达不到消毒目的，甚至给畜禽造成伤害。
石灰乳消毒应该用新鲜的生石灰（未受潮的为准）配制成10～20％的石灰乳，对畜（禽）舍、地面、墙体、粪便和尸体进行喷雾消毒；畜禽出栏以后用新购的生石灰加水配制成20%的石灰乳，涂刷厩舍的墙壁或地面进行消毒。
石灰粉消毒可用生石灰1kg，加水350ml，制成消石灰粉末撒施，可对潮湿的地面、粪池及污水沟等进行消毒；在畜禽场、肉联加工厂等门口，放置浸透20%石灰乳的湿草包、湿麻袋片，可对鞋底、车轮等进行消毒。
特别要注意，不能用石灰干粉进行消毒。因为其干粉无杀菌作用，石灰加水后生成氢氧化钙才具有杀菌的作用。如果把生石灰直接撒在干燥的猪圈地面上，会使猪的蹄部干燥开裂，有的甚至引起灼伤、溃疡，用于鸡舍更加危险，生石灰刺激皮肤导致家禽羽毛脱落。同时，由于家禽的活动，生石灰粉四处飞扬，污染空气，诱发呼吸道疾病。如蛋鸡缺钙，误食生石灰，在消化道内与水反应成强碱性的氢氧化钙，损伤消化道组织，严重的可引起嗉囊肌胃穿孔，导致鸡群大量死亡。
生石灰必须现配现用。生石灰存放时间长，会吸收空气中的二氧化碳，使其成了没有氢氧根离子的碳酸钙，因此陈石灰已失去了消毒作用。
若石灰中含有杂质，消和过程中可能会引起燃烧和爆炸。所以，应先去除杂质。