在秸秆发酵过程中,由于有效EM在适宜的温度和厌氧条件下,生长繁殖旺盛，分泌酶也多，秸秆中纤维素---本聚糖链以及本质素聚合物酯键被酶解，增加了秸秆的柔软性和膨胀度，使反刍动物瘤
胃
EM能直接与纤维素接触，从而提高了粗纤维的消化率。秸秆等粗饲料经过有益EM发酵后，饲料中的纤维素，淀粉，从而提高了饲料的消化吸收率，起到了饲料机械起不到的深度生物加工作用，粗饲料发酵过程中还产生并积累大量营养丰富的EM菌体及有用的代谢中间产物，如有机酸（如乳酸，醋酸，乙醇，对饲料还有防腐作用，有的能增加动物的抗病能力，刺激其生长发育，如维生素，抗生素
，激素，微量元素及未知促生长因子。
一、EM在畜牧生产中的作用
1、EM含有多有益微生物，其中乳酸属的多种杆菌，在体内厌氧状态发酵乳糖，产生乳酸而形成的酸性环境可有效地抑制肠道腐败M的繁殖，促进有益微生物的生长，从而减少肠道疾病的发生。
EM中的光合细菌群在本身生长过程中，产生大量Vc和VE等从而提高畜禽的抵抗力，酵母菌细胞含有的高量超氧化物歧化酶（SOD），可有效地催化体内超氧阴离子自由基（O2-1），转换成无害的H2O2和
O2，解除O2-1对机体的毒害作用，而放线菌的大多数菌种，在代谢过程中能产生不同类型的抗生素，从而确保畜禽健康。
2、提高畜禽生产性能，降低饲养成本，增加经济效益。
EM中的许多菌体本身就含有大量的营养物质，如光合细菌，蛋白质含量在60%以上，并富含各种维
生素，特别是Vb12，叶酸和生物素，这些微生物加到饲料中，作为营养物质被畜禽摄取利用，从
而促进生长。同时，EM发酵过程中，还能产生大量生物活性物质，如维生素，各种消化酶，内分泌激素及促进生长的刺激因子，从而调整和提高畜禽各器管的生理功能，促进畜禽生长，增加产蛋和产奶
量。乳酸菌可摄取光合细菌产生的物质，分解饲料中的粗纤维，使其转化为畜禽有效的养分。
应用EM菌处理秸秆饲料的方法
(一)秸秆粉碎
秸秆用作牛、驴、马的粗饲料，可用揉碎机加工，尤其是玉米秸较粗硬，揉碎可提高秸秆利用率。若用作羊、兔、鹅粗饲料，可用粉碎机将秸秆粉碎成粗粉，以便混拌精饲料。稻草
和麦秸比较柔软，可以用铡草机切碎，长度为3厘米。
(二)配制菌液
取EM菌原液5---6千克，加糖蜜或红糖2千克，水(自来水或井水)320千克，在常温条件下，充分混合均匀。
(三)菌液混拌粗饲料
将制备好的菌液，喷洒在1000千克加工好的粗饲料上，翻动搅拌均匀。
(四)装窖、密封，厌氧发酵
混拌好饲料，一层层装入砖、石、水泥砌成的窖内，人工踩实。即在窑底（池底）铺放20～30厘米厚的切碎秸秆，均匀喷洒菌液，并按1%的量撒入玉米面，搅拌并压实
秸秆，再加入20～30厘米厚的秸秆，喷洒菌液并撒入玉米面，搅拌压实秸秆，直至使装料高出窑口40厘米，
覆盖塑料薄膜，再盖20-30厘米细土，拍打严实，防止通风透气，最后封窑。分层压实的目的
是为了排除秸秆中的空气，为EM有效微生物群的繁殖造成厌氧条件。
（五）在秸秆分层压实直到高出窑口30～40厘米，再作最后加力压实，上面均匀洒上食盐粉，压实后再盖上塑料薄膜（食盐用量为每平方米100～150克，以防上层秸秆发霉变质），薄膜上面加20厘
米厚的秸秆，现覆盖上15---20厘米厚的土，严封窑顶。
(六)开窖喂用 封窖后夏季经5-10天，冬季20-30天即可开窖喂用。长方形窖从窖的一端挖开
1-1.2米长，清除泥土和表层污染部分，由上而下，一层层喂用。窖口要用草捆或木板盖严，防止落
人沙土。EM饲料具有苹果香味，略酸甜。多数牲畜不经驯食就正常采食，但也有少数牲畜经过若干天后才喜食。
内蒙古一位绵羊养殖户将 500 倍
EM菌液稀释液（密闭 48 小时）倒入饲料中拌匀后密封 24 小时喂羊，效果极好，繁殖成活率达 100
％。
EM菌用于青贮饲料时，按原料风干重加千分之五的EM原液，其他方法同青贮制作。