用活力99生酵剂和粗饲料降解剂发酵和处理秸秆制作秸秆饲料的原理，与瘤胃微生物发酵原理基本相似，但由于有粗饲料降解剂中纤维素酶、木聚糖酶、β-葡聚糖酶、果胶酶、纤维素酶、甘露聚糖酶等的参与，其作用后的结果有很大的不同。秸秆经粗饲料降解剂和活力99生酵剂发酵后，转变为适口性好，消化率高的优质饲料。秸杆在处理过程中，由于活菌和酶的作用，半纤维素—木聚糖链和木质素聚合物的酯键酶解，增加了秸秆的柔软性和膨胀性，使瘤胃微生物能够直接与纤维素接触，从而提高了粗纤维的消化率。牛羊饲喂预处理后的秸秆饲料，可提高瘤胃微生物区系纤维素酶和解酯酶活性，使维生素B12合成达到一个较高的水平，能促进挥发性脂肪酸的生成并提高三到四成，其中丙酸提高三成。挥发性脂肪酸可为微生物菌体蛋白的合成提供碳骨架，而丙酮是反刍家畜重要的葡萄糖前体。这样在泌乳牛血液中含糖量增加一到二成。奶牛血液中这种变化能改善其生理状态，可正常产犊，牛犊也不会患消化不良症状。这主要是由于秸秆消化率的增加，有机物消化量的提高以及动物肌体能量代谢物质挥发性脂肪酸的增加，也意味着瘤胃微生物菌体蛋白合成的提高，从而增加了对机体微生物蛋白的供应量，这就是用降解剂和活力99生酵剂预处理秸秆饲料使反刍动物增重的主要机理。