泥鳅养殖用水的物理处理方法包括栅栏、筛网、沉淀、过滤、挖掘移走底泥沉积物、进行水体深层曝气、定时进换水等工程性措施。其中微流水是一个很好的处理方法。主要用于泥鳅养殖用水和废水处理有四种方法：
一、栅栏： 通常用在泥鳅养殖区域水源进水口，目的是为了防止水中较大个体的鱼、虾类、漂浮物、悬浮物以及敌害生物带入养殖区域水体。栅栏用竹箔、网片组成。
二、筛网 ：在水源进水口的栅栏一侧安顿筛网，作为幼体孵化用水，以防小型浮游动物进入孵化容器中残害幼体。产业化养鱼废水处理，也用筛网清除粪便、残饵、悬浮物等有机物。
三、沉淀 ：在养殖上一般采用沉淀池沉淀，沉淀时间根据用水对象确定，通常需要沉淀48小时以上。
四、过滤 ：过滤是使水通过具有旷地空闲的粒状滤层，使微量残留的悬浮物被截留，从而使水质符合养殖尺度。