稻田养殖泥鳅施用农药防治稻谷病虫害时，与稻田饲养泥鳅有一些矛盾，但是，只要把握好用药方法，就可以在有效防治稻谷病虫害的同时，而不使泥鳅受到毒害。稻田养殖泥鳅施药时应留意：
一、选用高效低毒、残留期短的农药，不得使用对泥鳅毒性比较大、残留量大的农药，如DDT、六六六、毒杂芬、五氯酚钠等。可采用敌百虫、稻瘟净等对泥鳅毒性较小，使用无害较为利便的农药。尽量采用一些对泥鳅基本无害的生物农药。
二、在稻田中施用农药超过泥鳅的致死浓度，会造成泥鳅死亡。导致养殖失败。因此，施药时要把握好浓度。
三、喷雾水剂选择在晴天的上午进行，因稻叶下战书干燥，大部门药液吸附在水稻上。同时，施药前田间加水至20厘米深，稀释落入水中农药的浓度。
四、喷施农药时，最好喷嘴朝上，药物要尽量喷施在稻叶和叶茎上，喷药后及时换水。在施粉剂农药时，要用2~3天时间排干田水，使泥鳅全部集中到鱼沟、鱼溜中再施，施药后不能立刻注水，要待农药的毒性消失才能注水。
五、施药后要留意观察泥鳅的流动反应情况，随水预备换入新水，防止泥鳅中毒死亡。