甲硝唑为抗阿米巴和滴虫的药物，对治疗鸡生殖系统疾病及一些传染病引起的生殖系统炎症效果好。对各种厌氧菌感染也有良好的治疗效果，且不易形成耐药菌株、菌群失调和二重感染，与常用抗生素合用无拮抗作用。经临床实践证明可以治疗以下两种：
1、治疗蛋鸡滴虫病 在每公斤饲料中拌入甲硝唑0.88克，连续饲喂5~6天，10天后鸡可痊愈。
2、治疗蛋鸡腹膜炎 应用阿莫西林加甲硝唑联合治疗，即在鸡饮水时，按每100公斤纯水加入10克阿莫西林，同时在每公斤饲料中加入甲硝哇0.8克，连续使用4~5天。用药后第四天产蛋率回升，不再出现卧地不起、拉蛋黄样粪便的鸡，用至第五天产蛋率达到80%，再巩固用药3天，鸡完全恢复产蛋。
3、治疗蛋鸡弧菌性肝炎 在每公斤饲料中拌入甲硝唑0.8克，连续饲喂7天，停2~3天，再喂7天，治疗效果良好。