您可能要问：垫料是采用微生物制作的，消毒不是把微生物杀死了吗？其实消毒只是将表面的一点微生物杀死，当消毒剂功效一过，由于垫料下储藏着大量的有益微生物，加上猪不断地翻动，微生物很快又上来了。并且我们每天喷洒保健液，保健液中本身就是大量有益微生物。所以消毒不会造成任何影响。其实在垫料养殖中，除有时对走道、食槽、墙体等进行消毒外，很少直接对垫料消毒，除非遇到个别猪拉稀或病死，才会消毒一次。
抗生素只是对猪体内有作用，即使是排出残留一些，也不会对垫料中的有益微生物造成影响。
局部消毒不影响全局,如果猪只拉稀等,可以清理这部分猪粪,也可以直接洒石灰于粪便排放处消毒,不影响发酵床微生态平衡.消毒后补充益富源菌种就可以了,不必担心消毒的事.
同时，垫料内部是一个巨大的菌种库，经常可以通过翻料和猪只的拱料操作，把下面的菌种翻上来，对消毒部位进行了补充菌种。
使用传统发酵床养猪，对化学消毒剂比较敏感，但使用益富源微生态垫料养猪就不担心这个情况，益富源微生态垫料中的微生物数量大了近20倍，局部消毒，一旦药性消失，微生物可以通过渗透从周围渗入，马上形成消毒的这个部位的一个新的微生态平衡。也就是说自我修复的功能比较强大，这一点在实践当中已经得到证实。