一是严格控制畜禽养殖业污染物新增量。调整畜禽养殖业发展方向，不断优化畜禽养殖品种，提高畜禽养殖业的质量，实现规模化畜禽养殖业的养殖数量，减少养殖专业户和散户养殖的数量，通过养殖专业户和散养户向规模化养殖的转变，对污染物进行统一处理，降低污染物的排放。
二是严格畜禽养殖场建设项目审批。规模化畜禽养殖场必须按照建设项目环境保护有关规定，进行环境影响评价，办理审批手续，对未取得污染物排放总量指标的坚决不予审批。同时要求新建畜禽养殖场必须按照国家《“十二五”主要污染物总量减排核算细则》的要求采取全过程综合治理方式处理污染物。
三是完善养殖场治理措施。对于现有的规模化养殖场应按照《馆陶县畜禽养殖污染防治管理办法》中的规定，应因地制宜地采取全过程综合治理技术处理污染物，包括建设雨污分离污水收集系统，采用干清粪的方法收集粪便，污水厌氧处理，粪渣和沼渣通过堆肥发酵制取颗粒有机肥或有机复合肥等方式，实现农业废弃物的资源化利用。
四是优化畜禽养殖方式。推行清洁养殖技术（生态养殖方式）即立体养殖等方式，根据种养面积合理确定养殖数量，达到产用平衡。推行垫草垫料（生物发酵床）技术，利用“微生物”转化、降解、吸收、分解粪尿污染物，垫料和猪粪尿混合发酵后，直接变成优质有机肥料。
五是加强对减排项目的督导检查。加强对《关于2012年农业源污染项目减排暨限期治理的通知》（〔2012〕23号）中的44个畜禽养殖业减排项目现场的督导检查，及时了解项目进展情况并进行调度部署，确保完成年度任务。目前，22家已通过市减排核查小组验收。