害鼠可以传播多种病毒性和细菌性疾病，包括鼠疫和出血性肾综合症，在鼠害严重的季节和局部地区，老鼠还会咬人，人的身体健康造成直接危害。

鼠类间接为害主要是指对人类的生产经济活动造成损失，表现在以下三个方面：

鼠类为杂食性动物，农作物从种到收全过程中和农产品贮存过程中都可能遭受其害。多在晨昏活动。有的专吃种子和青苗，如大家鼠(Rattus norvegicus)、社鼠(R.niviventer)、 黄毛鼠(R.rattoides)、小家鼠(Mus musculus)、黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)和大仓鼠(Cricetus triton)等；有的以植物的根、茎为食，如鼢鼠(Myospalax spp.)和鼹形田鼠(Ellobius talpinus)等；有些鼠类喜食粮油作物种子，如小家鼠、黑线姬鼠(Apodemus agrarius)和黄胸鼠(Rattus flavipectus)等。世界各地的农业鼠害造成的损失，其价值相当于世界谷物的20%左右。

主要是食害树种；啃咬成树、幼树苗,伤害苗木的根系,从而影响固沙植树、森林更新和绿化环境。林业上的主要害鼠有红背鼠(Cle-thrionomys rutilus)、棕背鼠（C.rufocanus）、花鼠(Eutamias sibiricus)、 松鼠 (Sciurus vulgaris)和林姬鼠（Apodemus sylvaticus）等。

牧业上的害鼠主要有黄兔尾鼠(Lagurus luteus)、达乌尔黄鼠(Citellus dauricus)、旱獭(Marmota spp.)、黑唇鼠兔(Ochotona curzoniae)、布氏田鼠(Microtus brandti)和鼹形田鼠等。主要是大量啃食牧草，造成草场退化、载畜量下降、草场面积缩小。沙质土壤地区常因植被被鼠类破坏造成土壤沙化；鼠类的挖掘活动还会加速土壤风蚀，严重影响牧业的发展和草原建设的进行。此外，鼠类还是流行性传染病的潜在宿主，直接威胁着畜牧业的安全。鼠类有终生生长的门齿，具有很强的咬切力，它们也能对农业建筑物和一些农田水利设施造成很大危害。