苍蝇的天敌有三类：一是捕食性天敌，包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、蚂蚁、蜥蜴、壁虎、食虫虻和鸟类等。鸡粪是家蝇和厩蝇的孳生物，但其中常存在生性凶残的巨螯螨和蠼螋，会捕食粪类中的蝇卵和蝇蛆。二是寄生天敌，如姬蜂、小蜂等寄生蜂类，它们往往将卵产在蝇蛆或蛹体内，孵出幼虫后便取食蝇蛆和蝇蛹。有人发现，在春季挖出的麻蝇蛹体中，60.4%被寄生蜂侵害而夭亡。三是微生物天敌。日本学者发现森田芽孢杆菌可以抑制苍蝇孳生，我国学者也发现“蝇单枝虫霉菌”孢子如落到苍蝇身上，会使苍蝇感染单枝虫霉博凡此种种，都值得蝇蛆养殖者注意。