一、鸡患慢性呼吸道病，也称霉形体病，不可用青霉素治疗。因为青霉素的杀菌原理是破坏细菌的细胞壁，而霉形体没有细胞壁，因此青霉素对霉形体病无效。
二、细胞内感染病原菌的疾病如鸡的李氏杆菌病、结核病等，使用抗菌素治疗一般无效，因为抗菌素药液不容易渗入到细胞内。
三、鸡患呼吸道疾病时，应在使用抗菌素的同时结合使用病毒灵才能取得理想效果。因为鸡呼吸道病往往是细菌和病毒同时感染，抗菌素只对细菌有效，对病毒无效。
四、要对症下药。不按剂量、疗程盲目用药可以造成鸡患软骨症，也可引起药物中毒或使细菌产生耐药性。
五、不可使用四环素治疗鸡的肝、肾疾病。长期大剂量使用四环素可以引起肝的损伤甚至引起肝脏急性中毒造成鸡的死亡。四环素还可以引起肾小管损伤、尿酸盐沉积造成肾功能不全代谢障碍。
六、雏鸡和蛋鸡不宜用氯霉素，因雏鸡肝内酶系统发育不全，影响了肝脏对氯霉素的解毒作用，使血中游离氯素浓度升高；加之雏鸡肾脏排泄功能低下造成氯霉素在体内滞留，引起微循环障碍而中毒死亡。蛋鸡使用氯霉素会破坏卵细胞，使产蛋量明显下降。
七、出现神经症状的禽病不宜使用抗菌素治疗。因内有神经症状的疾病多为脑部受损后的表现，大多数抗菌素都不能通过血脑屏障发挥治疗作用。
八、长期口服四环素和金霉素可刺激胃肠蠕动增强，影响营养吸收，造成呕吐、流涎、腹泻等症状。
九、肌注链霉素易造成鸡休克，甚至死亡。体腔注射链霉素易引发呼吸困难致窒息死亡。
十、用磺胺注射液稀释青霉素会使青霉素失效，青霉素与庆大霉素混合后，后者会失效；青霉素或四环素和氢化可的松合用可使青霉素失效，四环素药效降低，四环素、氯霉素、卡那霉素、先锋霉素、万古霉素、氨苄青霉素等均不宜合用。