蝇类除骚扰人和家畜、污染食物，更重要的是传播各种疾病。
(一)机械性传播：
1．消化道传染病：如霍乱、伤寒、菌痢、脊髓灰质炎、布氏杆菌病等。
2．呼吸道传染病：如肺结核、肺炎等。
3．皮肤传染病：皮肤利什曼病、炭疽、破伤风等。
4．肠道寄生虫病：如阿米巴痢疾、蠕虫病等。
(二)眼结膜吸吮线虫的中间宿主：此虫寄生于动物眼结膜囊和泪管中，其幼虫排出后，可被蝇舐吸眼分泌物时进入蝇体，在蝇的胸肌中发育为感染性幼虫，进入蝇喙中，蝇再舐吸食物时就逸出进入动物的眼中，人偶然受染。
(三)蝇蛆病：是由于蝇类的幼虫寄生于组织或器官中引起的疾病因寄生的部位不同，而名称也不一样如肠道蝇蛆病，眼蝇蛆病等。
(四)生物性传播疾病：能生物性传播疾病的蝇类不多，其中最主要的是舌蝇属，又名采采蝇，传播锥体虫所致的睡眠病。