由于鱼类是水生温变动物，其免疫应答也受许多因素的影响。因而，在预防接种时，要考虑水温、季节和水域的生态环境，以及鱼的年龄和健康状况。接种的方式可分为三种：经济价值较高，体形较大的鱼类，应采用注射法；鱼苗可用浸泡法；对大规模的鱼群免疫接种则采用口服法，把疫苗混入饵料中喂食鱼儿。同使用抗生素相比，在鱼病防治效果上，鱼用疫苗有不可替代的优点。安全的鱼用疫苗使用后没有污染，鱼体内无任何残留，能有效地保护生态环境和食用鱼的品质，并且，长期使用也不会对鱼体产生耐药性。

　　国外迄今已批准上市的鱼类疫苗达30种以上，这些疫苗的使用已取得了非常显著的效果。我国对鱼类免疫研究起步较晚，始于1955年，进展较慢。但近几年，我国对养殖鱼类的免疫研究，取得了一些可喜成绩，并在生产上起到了增产的效果。如草鱼和青鱼的病毒性出血病，采用疫苗注射预防是目前防治此病的有效方法，通过注射疫苗，可使原来成活率（20%-30%）提高到80%以上，标志着我国最大宗养殖品种草鱼的主要疾病可获得人工免疫预防，加上草鱼烂鳃、赤皮、肠炎“三病”细菌三联疫苗的使用，保护范围得到扩展，使得疫苗更具实用价值。另外，疫苗研发品种多样化，如淡水养殖鱼类细菌性败血症疫苗对鲫鱼注射的有效率达90％以上、鳗鲡佐剂苗口服相对成活率约80％，海水鱼类弧菌双价苗、二联苗、三联苗、基因弱毒苗浸泡接种提高成活率约10％-40％。我国局部地区(如江西省泰和县草鱼疫苗注射防病技术普及达80％以上)少部分疫苗已替代部分高残留化药物用于水产养殖生产疾病防治。另外，农业行业标准《绿色食品渔药使用准则》(NY／T755-2003)已将鳗弧菌灭活疫苗(预防鳗鱼的弧菌病)、嗜水气单胞菌灭活疫苗(预防淡水鱼类的细菌性败血症)、草鱼出血病灭活疫苗(预防由鱼呼肠弧病毒引起的草鱼出血病)、鱼传染性胰脏坏死病灭活疫苗(预防由传染性胰脏坏死病毒引起的疾病)纳入AA级绿色水产品养殖推荐渔药予以推广使用。

　　疫苗在提高鱼类特异性免疫水平的同时亦能增强机体抗不良应激的能力，且符合环境无污染、水产食品无药残的理念，有效预防大水面养殖鱼类流行病、并且克服了经常用药防治鱼病而对某些药物产生抗药性的弊病；此外，通过人工免疫以及对发病后有免疫力鱼体的筛选，可培育免疫品种和个体。因此，疫苗在水产业中的愈来愈受到高度重视，已成为当今世界水生动物疾病防治界研究与开发的主流产品。