1、 单宁（tannin）
菜籽饼粕中含有约3%的单宁（又称鞣酸），它干扰蛋白质的利用，在畜禽体内可与蛋白质形成难以利用的络合物，影响饲料的适口性，使饲料产生涩味。
单宁可阻止钙的吸收，引起蛋白质消化酶、脂肪酶和淀粉酶的失活，以至于影响动物的生长和食物的转化。
单宁可引起产蛋率的下降，蛋黄杂色度增加。单宁还可导致鸡蛋腥味（一般还只有在菜籽饼粕中存在的单宁才有这种作用），具体的机理将在后述的三甲胺对鸡蛋品质的影响中介绍。例如，在蛋鸡饲料中，对照组添加1%的单宁，实验组添加2%的单宁，则在第二周就可发现实验组产蛋率明显下降，相应地蛋黄的杂色斑点也迅速增加。
2、 芥子碱（sinapine）
饲料中添加高量的菜籽饼粕（如蛋鸡饲料）常见的症状有：增重缓慢，死亡率上升，高血糖，甲状腺肝脏等器官肿大，骨骼变形等。某些产蛋鸡还会因食用菜籽饼粕而产带腥味的鸡蛋。
1973年，Hobson-Frohock等指出，鸡蛋腥味是由蛋黄中的三甲胺TMA(trimethylamine)产生的，实验表明，当鸡蛋中的TMA浓度高于0.8μg/g时，就可以觉察到腥味，菜籽饼粕中的TMA 很少，进入蛋黄中的TMA主要是由胆碱和存在于菜籽饼粕芥子碱经鸡肠道中的细菌的酶的作用而来，芥子碱是芥酸的胆碱酯，在菜粕中的含量达0.6—1.8%，芥子碱在鸡体内细菌作用下首先分解成芥酸和胆碱，后者进一步水解成乙二醇和三甲胺，因此，芥子碱是三甲胺的前体。
其它可分解出胆碱的物质也会在鸡体内产生TMA。例如，在鸡饲料中添加0.5%的氯化胆碱，蛋黄中TMA含量会显著增加。
人们观察到，产棕色蛋的鸡食用含菜籽粕的饲料后，会产带腥味的蛋，而产白色蛋的鸡则不存在这一现象，实验表明，产棕色蛋的鸡体内，合成TMA氧化酶的能力不足，因此在食用菜粕后，TMA不经氧化而直接进入蛋黄中，使鸡蛋产生腥味，而产白色蛋的鸡体内TMA氧化酶发达，产生的TMA被其氧化为TMA的氮氧化物，而失去产生腥味的作用。
菜粕中含有多种TMA氧化酶的抑制剂，Pearson用肝微粒体进行的体外试验证明，5-乙烯基噁唑烷硫酮OZT和可溶性单宁是TMA氧化酶的强烈抑制剂，而硫氰酸盐虽然对于TMA氧化酶没有直接的抑制作用，但它可以抑制甲状腺素的合成，从而间接地抑制了TMA氧化酶，由此可导致鸡蛋腥味，另外，单宁不仅可促使导致鸡蛋腥味，还可使蛋黄产生杂色斑点等。
TMA引起的鸡蛋腥味，不会因添加0.1—0.2%的硒而消除，也不会因添加抗生素而消除，高芥子甙菜粕经石灰，氨水等处理后，可降低蛋中腥味，说明石灰处理方法可降低饼粕中芥子甙（可产生OZT等TMA氧化酶抑制剂）、可溶性单宁和芥子甙，这是解决鸡蛋腥味的根本途径。
另外，还可选择只饲喂产白色蛋鸡的方法，来避免菜粕的该影响作用。
3、 粗纤维
菜粕中的粗纤维含量在10—12%之间，它可以促进动物胃肠的蠕动，有利于营养物质的消化，但它更多起的是抗营养作用。它是一种非营养性物质，不能被动物所消化吸收，（反刍动物除外），它在饲料中的存在降低了有效营养物质的浓度，降低了饲料效率，增加动物的饱感，同时，粗纤维是许多植物细胞的细胞壁成分之一，它可阻止细胞内的营养物质与动物胃肠中的酶接触，降低动物的消化率。
粗纤维可被酶、酸、碱、热所降解。
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