疾病引起的腹泻细菌性疾病引起的腹泻有大肠杆菌病、浆膜炎、魏氏梭菌病等。治疗大肠杆菌病、白痢可选用氨苄西林、头孢拉啶、环丙沙星等；治疗浆膜炎和魏氏梭菌病，可选用利福平、磺胺二甲氧嘧啶、氟苯尼考等药物；对病毒性疾病如鸭流感、副黏病毒病要从预防入手，7日龄时接种禽流感油苗，14日龄接种新城疫疫苗。
    饲料引起的腹泻饲料保存不当易引起霉变，鸭吃了霉变的饲料就会发生腹泻。可在饲料中加入脱霉剂（制霉菌素、克霉唑等）进行预防；饲料中蛋白质过高，会加重鸭肾脏的负担，引起代谢紊乱，出现腹泻，治疗须及时通肾；钙、磷比例不当和维生素缺乏时也会引起鸭腹泻，要及时调整饲料配方。
    药物引起的腹泻多维用量过大时会引起鸭腹泻，要及时调整用量；对药物中毒引起的腹泻要保肝护肾，通肾利尿；对连续用药引起的腹泻，要调整肠道菌群，加入芽孢杆菌和益生素，同时配合使用抗生素防止继发感染。在用药过程中，要由低敏到高敏，由单一用药到用复方制剂，制定合理的用药程序，选用信誉好的厂家生产的兽药。
    环境引起的腹泻夏季，由于高温天气使鸭饮水量加大导致肠道菌群减少、阴雨雷电的应激、饲养密度过大、通风不畅、防暑降温不良、室内氨味过大等都会引起鸭腹泻，所以在高温天气要做好鸭群的饲养管理，及时清粪，更换垫料，供给新鲜清洁饮水，同时需在其饲料中加入鱼肝油、维生素C等以减少应激。